Unvollständig ausgeführte Baustufen, Ansturm der Studierenden, Raumnot und Sparmaßnahmen beherrschen den Alltag der 1980er und 1990er Jahre. Die Hochschule weicht für große Vorlesungen sowie das Ablegen von Prüfungsarbeiten auf andere Räume in der Stadt Paderborn aus. Im Jahr 1988 sind in Paderborn über 10.200 Studierende eingeschrieben. Die Hochschule leidet unter einer räumlichen Auslastung von über 200 Prozent. Als Impuls für die Zukunft wirkt in dieser Zeit die finanzielle Förderung der Hochschule durch den Paderborner Unternehmer Heinz Nixdorf.
1990 Internationales Begegnungszentrum (IBZ) – Jenny-Aloni-Haus
Heinz Nixdorf legt mit seiner großzügigen Spende im Jahr 1985 die Grundlage für das Internationale Begegnungszentrum (IBZ). Am 15. Mai 1990 wird die Eröffnung des Hauses unter anderem mit Rektor Prof. Dr. Hans-Dieter Rinkens, Renate Nixdorf, Dr. Anton Osterhus von der Universitätsgesellschaft und Architekt Prof. Hubert Krawinkel gefeiert. Am 16. Juni 1999 wird die Einrichtung nach der 1917 in Paderborn geborenen und 1993 in Ganei Yehuda, Israel, verstorbenen Schriftstellerin Jenny Aloni benannt.
1991 E-Gebäude
Eine Kooperation zwischen Heinz Nixdorf und der Hochschule entsteht 1985 mit dem Plan für das gemeinsame Forschungszentrum Cadlab (Computer Aided Design Laboratory). Bei der Eröffnung des Cadlab am 12. Februar 1986 in der ehemaligen Hutfabrik Püttmann, Bahnhofstraße 32, macht der Computerunternehmer Heinz Nixdorf eine nahezu sensationelle Mitteilung. Er schenkt der Hochschule 50 Millionen Mark für die Errichtung des „Interdisziplinären Zentrums für Informatik und Technik“ (ZIT). Der Grundstein für das spätere Heinz Nixdorf Institut (HNI) ist gelegt. Nur wenig später, am 17. März 1986, stirbt Heinz Nixdorf. Am 28. Juni 1988 erfolgt der erste Spatenstich zum Bau des E-Gebäudes auf dem Campus. Entscheidend für den Beginn des Bauvorhabens ist der Vertrag zwischen dem Land und der Nixdorf-Stiftung Westfalen vom 23. Juli 1987 über das Interdisziplinäre Zentrum für Informatik und Technik (ZIT), das Heinz Nixdorf Institut (HNI). Das E-Gebäude wird offiziell am 25. Januar 1991 eingeweiht.
1992 Technologiepark
Die Verbindung von Wirtschaft und Wissenschaft ist der Hochschule ein bedeutendes Anliegen. Dieser Idee verpflichtet ist der Technologiepark als Netzwerk von Produzenten, Dienstleistern und Forschung, den die Hochschule seit seiner Gründung unterstützt. Nach der Eröffnung des ersten Gebäudes am 13. Juli 1992 wird das zweite Gebäude in enger Absprache mit der Universität gebaut. Das Technologiezentrum 2 mit 1.600 Quadratmetern wird im Juni 1996 eingeweiht. Als bereits siebtes Gebäude wird das Technologiezentrum 3 mit 3.600 Quadratmetern im Mai 2000 und schließlich als elftes Gebäude im April 2006 das Technologiezentrum 4 eröffnet. Zwischen der Hochschule und dem Technologiepark besteht ein enges Verhältnis, viele Firmen sind Ausgründungen der Hochschule.
1992 und 1993 Studentendorf am Vogeliusweg und 1994 Kita
Akuter Wohnungsnotstand von Studierenden soll mit dem Studentendorf am Vogeliusweg gelindert werden. Nach knapp zweijähriger Bauzeit werden Anfang Dezember 1992 die ersten 100 Zimmer und im Verlauf des Jahres 1993 die restlichen 302 Wohneinheiten bezugsfertig. Im Jahr 1996 wird die Kapazität auf 453 Wohneinheiten erweitert. Bedeutsam ist 1994 die Einrichtung der Kindertagesstätte, seit 1997 unter dem Namen „MS-KUNIgunde“, wo Kinder von Studierenden und Mitarbeitenden der Hochschule sowie Kinder aus der näheren Umgebung betreut werden. Im Jahr 2009 wird die Kita erweitert.
1994 Audimax (AM)
Das lang erwartete Auditorium Maximum (Audimax) kann gebaut werden. Bürgermeister Wilhelm Lüke, NRW-Wissenschaftsministerin Anke Brunn, Rektor Prof. Dr. Hans Albert Richard und AStA-Vorsitzender Hans-Dieter Dunschen setzen am 27. Mai 1992 den ersten Spatenstich. 600 Personen finden im Audimax einen Platz. Zu den 6,7 Millionen Mark für den Bau steuert die Stadt einen Anteil bei. In Anwesenheit von Ministerpräsident Johannes Rau wird das Audimax am 14. April 1994 offiziell eingeweiht.
1995 Heinz Nixdorf Institut an der Fürstenallee (HNI)
Für den März 1994 kündigt die Firma Siemens-Nixdorf Informationssysteme AG (SNI) an, den Verwaltungssitz an der Fürstenallee aufzugeben. Schnell entsteht der Plan, in dem Gebäude das Heinz Nixdorf Institut unterzubringen. Mit der Unterzeichnung des Vertrages vom 8. Februar 1995 wird die Fürstenallee Forschungsstandort. Nach dem Umbau des Verwaltungsgebäudes erhält die Hochschule 6.800 Quadratmeter Nutzfläche. Ab dem 1. Juli 1995 ziehen in das Forschungszentrum an der Fürstenallee mehrere Einrichtungen der Hochschule ein. Danach ist die räumliche Auslastung der Gebäude auf dem Campus von 234 auf 200 Prozent gesenkt. Am 21. Dezember 1995 wird der Standort Fürstenallee als F-Gebäude offiziell eingeweiht.
1996 Paderborner Lehrerausbildungszentrum (PLAZ)
1996 bezieht das Paderborner Lehrerausbildungszentrum, seit 2007 Zentrum für Bildungsforschung und Lehrerbildung, das ehemalige Hausmeisterhaus, nunmehr P9. Seit 2012 wird das Gebäude von studentischen Initiativen und Projekten genutzt.